Зубарева 5 класс контрольная работа: ГДЗ контрольные работы по математике 5 класс Зубарева Мордкович

MS / MS CRITICAL INSIGHT

FOR

Захват / перенос электронов в сравнении с диссоциациями, активируемыми / индуцированными столкновениями: соло или дуэт? Роман А. Зубарев, Александр Р. Зубарев и Михаил М. Савицкий Отделение молекулярной биометрии, факультет клеточной и молекулярной биологии, Уппсальский университет, Упсала, Швеция

Новые технологии ионной фрагментации — диссоциация с захватом электронов (ECD) и диссоциация с переносом электронов ( ETD) — основаны на взаимодействии многозарядных полипептидов со свободными электронами (ECD) или анионными частицами (ETD).После первоначальных трудностей эти технологии ECD / ETD (ExD) теперь все чаще используются в высокопроизводительной протеомике. Этот критический анализ представляет аргументы в пользу комбинированного использования ExD с традиционным низкоэнергетическим столкновительным возбуждением CID / CAD (CxD). Утверждается, что поиск в базе данных, ключевая технология в протеомике на основе MS / MS, уязвим в отношении неполной информации о последовательности, которую можно получить с помощью любого из методов, причем гомология пептидов MS / MS является основным усложняющим фактором.Секвенирование de novo рассматривается как единственный адекватный ответ на эту проблему и может быть достигнуто только при комбинированном использовании ExD и CxD. Ожидается, что отдача в виде дополнительной информации о последовательности превысит затраты на такую ​​реализацию. Наибольшее влияние сочетание ExD и CxD ожидается в приборах с высоким разрешением. (J Am Soc Mass Spectrom 2008, 19, 753–761) © 2008 American Society for Mass Spectrometry

F

или через несколько лет после появления диссоциации электронного захвата (ECD) десять лет назад [1] это не было ясно можно ли использовать эту технологию для высокопроизводительного анализа.Первоначально ECD был доступен только в масс-спектрометрии с ионно-циклотронным резонансом с преобразованием Фурье (FT-ICR), где типичное время реакции с электронами составляло 10 с, а для достижения приемлемого отношения сигнал / шум требовалось интегрирование не менее 10 измерений [ 2]. Переход от источников электронов на основе накаливания к катодам-дозаторам косвенного нагрева сократил время облучения до миллисекунд и повысил эффективность сбора фрагментов [3, 4]. Однако проблема низкого отношения сигнал / шум осталась, и, поскольку получение одного спектра в FT-ICR длится несколько сотен миллисекунд или дольше, интеграция нескольких сканирований была серьезным ограничением пропускной способности.Несмотря на несколько сообщений об успешной реализации в интерактивном режиме [5–7], ECD оставался по существу автономной техникой. Позже комбинация оптимизированной конструкции ячейки FT-ICR, осевого расположения нити и низкоэнергетического стробируемого захвата позволила получить масс-спектры ECD хорошего качества за один прием [4], что открыло путь для высокопроизводительного анализа. . Несколько групп работали над внедрением ECD в устройства для улавливания радиочастот, при этом первые запросы на перепечатку Адреса были адресованы профессору Роману А.Зубарев, Уппсальский университет, отделение молекулярной биометрии, Институт клеточной и молекулярной биологии, лаборатория биологической и медицинской масс-спектрометрии, Box 598, SE-75 124 Uppsala, Швеция. Электронная почта: [адрес электронной почты защищен]

результатов [8, 9]. Однако настоящий прорыв в том, чтобы сделать технологию типа ECD доступной для более широкого круга исследователей, произошел с открытием эффективных ион-ионных реакций с анион-радикалами, называемых диссоциацией с переносом электрона (ETD) [10]. Свидетельство тому — ряд недавних громких публикаций [11–14].Ввиду этого успеха роль ECD / ETD (которую мы сокращаем до ExD) в масс-спектрометрии заслуживает отдельного обсуждения. Чтобы инициировать такое обсуждение, мы выбрали в качестве центральной темы взаимосвязь между традиционными методами столкновительного возбуждения, активируемую столкновениями диссоциацию (CAD) / индуцированную столкновениями диссоциацию (CID) (CxD) и ExD в наиболее часто встречающейся в протеомике задаче пептидной последовательности. анализ. Существует ли конфликт, конкуренция или сотрудничество между этими двумя группами методов фрагментации? Будут ли они эволюционировать вручную или один из них станет доминирующим, а другой обречен на вымирание? Ниже мы попытаемся рассмотреть эти вопросы, никоим образом не претендуя на то, чтобы охватить все соответствующие аспекты.

Обсуждение Достаточно ли одного CAD / CID? Если бы CxD мог решить все аналитические проблемы, встречающиеся в масс-спектрометрии, не потребовалось бы никаких дополнительных / альтернативных методов фрагментации. Причины того, что CxD недостаточен в протеомике, недавно были

© 2008 American Society for Mass Spectrometry. Опубликовано Elsevier Inc. 1044-0305 / 08 / $ 32.00 doi: 10.1016 / j.jasms.2008.03.007

Опубликовано в Интернете Март Получено в январе Пересмотрено в марте Принято в марте

28, 30, 12, 12,

2008 2008 2008 2008

754

ZUBAREV ET AL.

J Am Soc Mass Spectrom 2008, 19, 753–761

Рис. 1. (a) распределение нормированных средних содержаний y-ионов в масс-спектрах 15 000 CAD дважды протонированных триптических пептидов из базы данных SwedCAD [17]. Кривая лучше всего подходит экспоненциально. (б) То же, что и (а), за исключением того, что все пептиды, содержащие пролин, отбрасываются, а фрагменты yn⫺2 не рассматриваются.

обсуждается [15]. Вкратце, есть две группы причин. Во-первых, CxD не расщепляет почти все связи, необходимые для получения полной информации о первичной структуре полипептида [16].Во-вторых, даже когда все пептидные связи расщеплены, полученная информация о массах фрагментов все еще недостаточна для однозначной идентификации последовательности и ее модификаций. Давайте исследуем эти причины более внимательно. Чтобы понять, почему CxD в общем случае не расщепляет все пептидные связи, рассмотрим распределение обилия y-ионных фрагментов пептида CxD (рис. 1a). Эти содержания достигаются при фрагментации в линейной ионной ловушке двухзарядных триптических пептидов [17], то есть когда размер молекул (в среднем около 10 остатков) и соотношение между числом ионизирующих протонов (два) и сильно основные группы (одна) выгодны для получения обильной фрагментации остова [18, 19].Однако даже в этой почти идеальной ситуации численность фрагментов быстро падает, причем пятый (рис. 1а) или шестой (рис. 1b) наиболее распространенный фрагмент в среднем в 10 раз менее интенсивен, чем фрагмент с наибольшей численностью. Существует небольшая аномалия в соотношении между первыми двумя пиками на рисунке 1а, которая устраняется (рисунок 1b), если пренебрегать пролинсодержащими пептидами, наряду с особым случаем расщепления yn⫺2. Пептид с 13 остатками требует 12 расщеплений основной цепи для полного определения первичной структуры; можно сделать вывод, что если тенденция на Рисунке 1 продолжится, наименее распространенные из этих расщеплений будут в среднем в 100 раз менее многочисленными, чем наиболее распространенные фрагменты.Следовательно, если отношение сигнал / шум (S / N) иона-предшественника после выделения перед MS / MS меньше 200: 1, в целом нельзя ожидать полной картины расщепления (при условии, что S / N 2: 1 как порог обнаружения фрагментов). Последняя оценка сделана на основе 100% эффективности преобразования ионов-предшественников во фрагменты основной цепи, что является идеализацией (только половина общего содержания ионов в спектрах МС / МС, полученных в ионной ловушке

, может быть отнесена к b- или y-ионов [18]. Принимая во внимание менее 100% эффективность обнаружения фрагментов и тот факт, что однозарядные фрагменты производят в детекторах наведенного тока (тип, используемый в масс-спектрометрии с преобразованием Фурье) в два раза слабее, чем такое же количество двухзарядных предшественников, мы заключаем, что S / N 1000: 1 является реалистичным значением самого низкого сигнала, необходимого для полного секвенирования с помощью CxD умеренно больших двухзарядных триптических пептидов.Требование высокого уровня сигнала является существенным аналитическим ограничением CxD. Причиной этого ограничения является «мобильный протонный» механизм расщепления основной цепи CxD [19], который доминирует в многократно протонированных триптических пептидах с одной сильно основной группой. Простейшая модель, количественно описывающая фрагментацию «подвижного протона» [20], предполагает, что вероятность расщепления после аминокислотного остатка определяется вероятностью пребывания протона на соответствующем карбониле, которая, в свою очередь, определяется карбонильной основностью GB этот остаток.В рамках этой модели «динамический диапазон» расщеплений CxD определяется разницей ⌬GBmax между максимальным и минимальным значениями GB, деленной на kTint, где Tint — внутренняя температура. Таким образом, более высокий оттенок должен сузить динамический диапазон. Такое увеличение может быть достигнуто за счет более энергичных столкновений ионов с нейтральными ионами. Однако более высокие энергии столкновения обычно приводят к большему рассеянию и часто приводят к снижению эффективности сбора фрагментов и, таким образом, к общей потере чувствительности.В отсутствие подвижных протонов преобладают различные механизмы CxD [21], в которых карбонильная основность играет менее важную роль по сравнению с химической активностью боковых цепей. «Динамический диапазон» таких расщеплений может быть даже больше, чем в присутствии подвижного протона [18]. Ограниченная эффективность CxD при секвенировании полипептидов также вызвана частым перекрытием масс N-концевых и C-концевых фрагментов. Такой более чем

J Am Soc Mass Spectrom 2008, 19, 753–761

ECD / ETD VS КОЛЛИСИОННО АКТИВИРОВАННЫЕ ДИССОЦИАЦИИ

755

Рисунок 2.Предпочтения аминокислот в тандемных масс-спектрах 15000 CAD и ECD, полученные для тех же пептидов, что и на рисунке 1. По сравнению с Savitski et al. [23], база данных была расширена, добавлены данные для Met.

круг может привести к ошибкам в интерпретации спектра [22]. Перекрытие не обязательно должно быть точным; даже частичное слияние изотопных распределений может сбить с толку компьютерные алгоритмы, выполняющие назначение пиков. Более высокое разрешение и точность определения массы всегда снижают риск ошибки, но являются лишь частичным лечением, поскольку теоретические массы b- и y-ионов могут быть настолько близкими, насколько желательно, и даже идентичными.Таким образом, всегда присутствует риск перекрытия, и он растет вместе с молекулярной массой. Другим важным фактором, влияющим на эффективность CxD, является то, что низкоэнергетические столкновения не позволяют различать изомерные остатки Leu / Ile (Xle). Вместе эти остатки составляют 1/6 всех аминокислот, содержащихся в природных белках, а это означает, что любой пептид, имеющий длину более четырех остатков, с большей вероятностью, чем не содержит по крайней мере один остаток Xle. Количество изоформ Xle (группы триптических пептидов с идентичными последовательностями, за исключением перестановки Leu / Ile) в белковых базах данных очень велико; По нашему опыту, такие изоформы являются одной из основных причин неправильного назначения пептидов при поиске в базе данных MS / MS.Обратите внимание, что ни улучшенная эффективность CxD, ни чрезвычайно высокая точность масс не способны разрешить изоформы Xle; может помочь только вторичная фрагментация боковой цепи, приводящая к образованию d- и w-ионов. Наконец, многие посттрансляционные модификации CxD лабильны в газовой фазе, такие как фосфорилирование Ser, Thr и His, а также N- и особенно Oglycosylation. Это делает CxD непригодным для их характеристики без химической дериватизации.

для сколов CAD и ECD в цветном режиме.Статистическая корреляция между предпочтениями аминокислот в этих двух методах отсутствует (коэффициент корреляции близок к нулю), и для одного и того же пептида сайт наиболее частого расщепления в CxD обычно смещен относительно аналогичного сайта в ExD [23 ]. «Динамический диапазон» масс-спектров ExD уже, чем у CxD (рис. 3). Поскольку внутренние температуры в ExD меньше, чем в CxD, более узкий динамический диапазон означает в простой количественной модели меньшее значение ⌬Gmax.Природа значений «G», ответственных за частоты расщепления в ExD, еще не изучена. Маловероятно, что они связаны с основностью амидов основной цепи [20] и, скорее, с сродством к атомам водорода. Эмпирически наилучшая корреляция

Комплементарность ExD и CxD В ExD связь NOC␣ разрывается в отличие от связи CON в CxD, но это не основная причина взаимодополняемости этих двух методов. Чтобы быть действительно комплементарным, ExD должен предпочтительно расщепляться по другим остаткам, чем CxD.Ранее статистический анализ показал, что это действительно так [23]; вывод теперь подтверждается обновленной и расширенной базой данных. Рисунок 2 демонстрирует эти обновленные склонности.

Рисунок 3. Распределение нормированных средних содержаний z-ионов в масс-спектрах 15000 ECD, полученных для тех же пептидов, что и на рисунке 1. Кривая является наилучшим экспоненциальным приближением.

756

ZUBAREV ET AL.

со склонностью к расщеплению ECD был обнаружен для определенных индексов гидрофобности [24], но эта корреляция до сих пор не нашла простого объяснения.Преимущество ExD в узком динамическом диапазоне фрагментации по сравнению с CxD увеличивает его относительную важность при увеличении молекулярной массы. Таким образом, ExD особенно подходит для фрагментации более крупных полипептидов, включая интактные белки [25–27]. Способность ExD различать остатки Ile и Leu посредством вторичной фрагментации в радикальных ионах z • увеличивает его полезность в качестве дополнения к CxD [28-29]. Наконец, «мягкий» характер расщеплений ExD делает этот метод пригодным для анализа лабильных посттрансляционных модификаций [30–32].Комплементарность CxD и ExD также отражается в области «малых фрагментов». В то время как CxD производит ионы иммония, которые характерны для присутствия определенной аминокислоты в последовательности, ExD дает мало таких ионов, но вместо этого производит потери нейтральных частиц из молекул с пониженным зарядом, специфичных для аминокислот [33].

Может ли ExD заменить CxD? Существует очевидное практическое преимущество в использовании только одного метода фрагментации в качестве универсального инструмента MS / MS, при условии, что этот инструмент удовлетворяет аналитическим потребностям.Поскольку маловероятно, что CxD (по крайней мере, в его доминирующей в настоящее время форме) когда-либо сможет заменить ExD, давайте рассмотрим последствия замены CxD на ExD. Инструментальная сложность и стоимость, вероятно, увеличатся, потому что CxD легче реализовать на большинстве инструментов, чем ExD. В протеомике дробовика трипсин больше не будет оставаться наиболее предпочтительным ферментом для производства пептидов, потому что триптические пептиды имеют тенденцию быть предпочтительно дважды заряженными при ионизации электрораспылением, что является недостатком для ExD, где эффективность

J Am Soc Mass Spectrom 2008, 19, 753– 761

уменьшается из-за частичной нейтрализации заряда [34].Конечно, ExD неприменим к однозарядным ионам или частицам с отрицательным зарядом (диссоциация электронного возбуждения, EED [35] и диссоциация с отрывом электронов, EDD [36], являются частными случаями). Конечно, трипсин можно заменить на Lys-C или Arg-C [14, 37], хотя эти ферменты, как правило, менее доступны. Важно отметить, что Lys-C и Arg-C продуцируют меньше пептидов, чем трипсин, что снижает сложность образца, но может снизить вероятность обнаружения белков с низким содержанием. CxD более крупных пептидов, продуцируемых Arg-C и Lys-C, относительно менее информативен, чем CxD более мелких триптических пептидов, и, таким образом, изменение фермента отрицательно повлияет на способность этого метода дополнять данные ExD.ExD, по-видимому, чувствителен к плотности заряда в полипептидах, при этом эффективность падает с m / z быстрее, чем у CxD [34]. И последнее, но не менее важное: большинство поисковых систем оптимизированы для спектров CxD MS / MS и менее эффективны при обработке масс-спектров ExD. Следует также иметь в виду, что, в то время как массы b- и y-фрагментов в CxD четко определены, массы c- и z-ионов в ExD могут быть на 1 Да легче или тяжелее, соответственно, из-за обширной перегруппировки водорода [2 , 38, 39]. Этот эффект снижает уверенность в отнесении фрагментов из масс-спектров только для ExD, что может быть особенно проблематичным при секвенировании de novo [16].Таким образом, мы не считаем, что подход только ExD более выгоден, чем режим только CxD. На наш взгляд, технологии ExD и CxD лучше всего реализовывать вместе, так что их взаимодополняемость может быть использована наилучшим образом.

Комбинированное использование CxD и ExD Чтобы оценить важность дополнительной информации, рассмотрим масс-спектр CAD на рисунке 4a.

Рис. 4. МС / МС-спектры дважды протонированного пептида с фрагментами, отнесенными к последовательности FLQPVQK (вверху) и FIPINAGK (внизу), полученные с помощью: (a) CAD; (б) РДЭ.

J Am Soc Mass Spectrom 2008, 19, 753–761

ECD / ETD VS КОЛЛИСИОНАЛЬНО АКТИВИРОВАННЫЕ ДИССОЦИАЦИИ

При поиске талисмана по всей базе данных MSDB с использованием окна точности масс 20 мДа для масс фрагментов и 3 ppm для масс фрагментов. молекулярных масс, он получил одинаковые оценки для пептидов FLQPVQK и FIPINAGK, потому что обе последовательности одинаково хорошо объясняются спектром MS / MS. Обратите внимание, как некоторые фрагменты подходят как y-ионы в одном случае и b-ионы в другом.Однако спектр ECD (рис. 4b) показывает явное предпочтение последовательности FLQPVQK. Хотя технически единственное различие в расщеплении основной цепи при ECD по сравнению с CAD — это наличие C-концевого расщепления на пролин, этого вместе с двумя w-ионами, подтверждающими отнесение к глутамину и лейцину [40], достаточно, чтобы провести надежное различие. между двумя последовательностями. Этот пример иллюстрирует нелинейное влияние на снижение неопределенности дополнительной информации о последовательности. Каждый дополнительный фрагмент информации о последовательности имеет возрастающую ценность, и обратное также верно.Например, при высокоэффективном секвенировании de novo полные последовательности намного более надежны, чем последовательности, полученные с «пробелами», даже небольшими пробелами длиной в два остатка [16]. Нелинейный эффект дополнительной информации о последовательности стоит помнить при оценке соотношения затрат и выгод от использования двух методов фрагментации по сравнению с одним.

Действительно ли необходимо секвенирование De Novo? Преимущества информации о дополнительных последовательностях особенно очевидны при секвенировании de novo [41]. Однако, к сожалению, широко распространено мнение, что секвенирование полипептидов de novo больше не требуется, учитывая, что поиск в базе данных очень надежен, а объем баз данных быстро увеличивается.По нашему мнению, последние два утверждения противоречат друг другу, поскольку чем более ограничена база данных, тем меньше информации требуется для идентификации уникального совпадения в этой базе данных. Однако нахождение уникального совпадения в ограниченной базе данных не является гарантией его достоверности, и эксперты по поиску в базах данных выступают против искусственного уменьшения размера базы данных для «увеличения» достоверности поиска [42]. Ниже мы утверждаем, что только секвенирование de novo может гарантировать безошибочную идентификацию последовательности.

MS / MS Гомология пептидов Иногда утверждают, что только CxD может идентифицировать пептид с любой желаемой достоверностью. Несомненно, можно продемонстрировать прекрасные примеры такой идентификации. Однако протеомика — это игра больших чисел. Когда значительное количество наборов данных едва превышает порог идентификации (что часто имеет место), чрезвычайно сложно обеспечить статус безошибочности. Даже 99,9% уверенность в идентификации белков дает несколько ложных срабатываний при идентификации нескольких тысяч белков.Поэтому рекомендуется проверка реальности

757

, когда сообщается об исключительно низком уровне ложного обнаружения. Одним из серьезных ограничений подхода к поиску в базе данных является гомология пептидов MS / MS, которая в этом обсуждении не эквивалентна гомологии последовательностей (гомология, используемая в поиске BLAST), но связана с тем фактом, что массовые списки фрагментов MS / MS пептиды с разными последовательностями могут выглядеть похожими или даже идентичными (см. пример на рисунке 4а). Например, все пептиды являются MS / MS-гомологами своих собственных обратных последовательностей, при условии, что ионы bn прямой последовательности совпадают с ионами (yn = h3O) обратной последовательности, а ионы yn = ионы прямой последовательности имеют те же массы, что и (bn ⫹ h3O) ионы [43] обратной последовательности.Чем больше база данных, тем больше вероятность совпадения гомолога. Окончательная база данных включает все возможные последовательности, и поиск в такой базе данных эквивалентен секвенированию de novo. Чтобы проиллюстрировать широко распространенное появление гомологии MS / MS пептидов, рассмотрим результаты поиска Mascot данных MS / MS по пептидам из всего протеома линий клеток человека A431, проведенного в нашей лаборатории некоторое время назад [44]. Matrix Science предостерегает от сужения таксономии при поиске талисманов [42], и поэтому может быть разумным в качестве первого шага анализа выполнить поиск в полной базе данных для всех видов.Такой поиск может выявить присутствие, например, микоплазм (от 5 до 35% используемых в настоящее время культур клеток, вероятно, инфицированы микоплазмами [45]). Поиск в полной базе данных NCBI дал одно уникальное совпадение (с любой оценкой) только для 3% запросов MS / MS, которые вообще дали какое-либо совпадение, и даже сужение таксономии до только человека дало более одного совпадения в 46% запросов. чехлы (рисунок 5). Многие наборы данных MS / MS давали повторяющиеся совпадения с одинаковыми показателями: 64% запросов при поиске по всем NCBI и 20% в поиске только для людей давали разные пептидные последовательности с одинаковым наивысшим баллом (рис. 6).Гомологические совпадения, в свою очередь, бывают двух видов. Когда спектр MS / MS получает ряд назначений неидентичных последовательностей с одинаковой или очень близкой оценкой, никакое значимое различие между назначениями не может быть выполнено только на основе значения оценки. В этом случае поисковому механизму обычно предлагается выполнить «кластеризацию», то есть назначить набор данных MS / MS белку, уже поддерживаемому наибольшим количеством других спектров MS / MS. Это разумный подход, когда в образце присутствует несколько обильных белков.Однако такая идеальная ситуация редко встречается в реальной протеомике. В более реалистичном случае в образце содержится большое количество белков с низким содержанием. В такой ситуации опция «кластеризация» часто вынуждает поисковую машину делать трудный выбор между присвоением спектра МС / МС белку без других обнаруженных пептидов или белку с одним поддерживающим пептидом с низкой оценкой. Статистическая обоснованность подхода «кластеризация» в этом случае становится весьма сомнительной.Метод кластеризации может быть ответственным за низкое перекрытие

758

ZUBAREV ET AL.

J Am Soc Mass Spectrom 2008, 19, 753–761

6000

Полный поиск NCBI 5000

4000

3000

2000

1000

(a)

3%

0 1

3

4

5

6

7

8

9

10

8

9

10

4000

3500 9000 Поиск в базе данных

3000

2500

2000

1500

1000

500

(б)

0 1

2

3

4

5

7

6 9000Распределение количества пептидных последовательностей (не обязательно уникальных), принадлежащих разным белкам, присвоенных Mascot с любой оценкой для каждого набора данных MS / MS: (a) для поиска в полной базе данных NCBI; (б) для поиска по человеческой базе данных. Десять — это максимальное разрешенное количество последовательностей.

баллов, чем лучшее задание, но все же выше порогового значения. В этой ситуации есть большой соблазн поверить в задание с наивысшим баллом и проигнорировать альтернативы с более низким баллом.Неизбежным следствием этого решения является возможность того, что многие задания получили наивысший балл не потому, что они верны, а просто потому, что в базе данных отсутствовал гомолог с более высокими баллами. Один из способов проверить достоверность полученной оценки — сравнить ее с ожидаемым значением, полученным из независимо назначенного параметра, такого как S-оценка [47], хотя даже этот метод не дает никаких гарантий. Таким образом, более логично принять как «правильные» все назначения последовательностей выше порога, тем самым признав очень простую истину, что в отсутствие полной информации о последовательности MS / MS, достаточной для полного de novo секвенирования, лучшее из того, что может установить поиск в базе данных. является гомологией MS / MS, а не идентичностью последовательностей.Присутствие пептидных гомологов MS / MS делает практически невозможным достижение безошибочного статуса в идентификации пептидов на основе неполной информации MS / MS. На идеализированной гистограмме значений оценки поисковой системы, отражающей степень соответствия, есть два четко разделенных распределения ложноположительных и истинно положительных идентификаторов (рис. 7a) [48]. В таком «попадании» или

3000

2500

Полный поиск NCBI

36%

2000

между протеомами одной и той же биологической системы, измеренными в разных лабораториях [46].Еще одним побочным эффектом кластеризации является недооценка частоты ложных обнаружений (FDR), когда для оценки FDR как «прямая», так и «обратная» базы данных объединяются в единую базу данных. Например, сопоставление набора данных ЖХ / МС / МС от Nielsen et al. [44] против перевернутой базы данных NSBI дало 30 совпадений с превышением порога. Последующий поиск с использованием прямой базы данных показал, что 29 из 30 пептидов также дали совпадения. В 18 случаях баллы за прямое и обратное задания были одинаковыми.В одном из 18 случаев последовательность была палиндромной, и, следовательно, как прямое, так и обратное сопоставление были правильными. Ожидается, что оставшиеся 17 случаев будут иметь статистически равные шансы быть отнесенными к прямым и обратным базам данных в конкатенированном поиске. Однако в действительности только два пептида вместо ожидаемых от 8 до 9 были отнесены к обратной базе данных, а 15 — к прямым последовательностям. Хотя функция кластеризации, отвечающая за отнесение некоторых «лишних» пептидов к прямому секвенированию белков, могла быть правильной в некоторых случаях, маловероятно, что все прямые присвоения наборов данных с одинаковым баллом были полностью оправданы.Другой вид гомологии MS / MS — это когда альтернативное присвоение второй (или большего порядка) последовательности тому же спектру MS / MS получает более низкий

1500

1000

500

(a)

0 0

1

2

3

4

5

6

7

8

9

7

8

9

6000

3000

2000

1000

(б)

0 0

1

2

3

4

5

6

Рисунок 6.Распределение числа альтернативных пептидных последовательностей (ноль означает уникальную последовательность), присвоенных Mascot с наивысшей оценкой выше автоматически определенного порогового значения для каждого набора данных MS / MS: (a) для поиска в полной базе данных NCBI; (б) для поиска по человеческой базе данных. Десять — это максимальное разрешенное количество последовательностей.

J Am Soc Mass Spectrom 2008, 19, 753–761

ECD / ETD VS КОЛЛИСИОННО АКТИВИРУЕМЫЕ ДИССОЦИАЦИИ

759

возникают, когда хроматографическое разрешение недостаточное и многие пептиды элюируются одновременно.Мы не будем здесь подробно рассматривать эту проблему, за исключением того, что отметим, что более обширная информация о последовательности обычно помогает справиться с ней. Одно из возможных решений проблемы гомологии MS / MS — полагаться не только на абсолютную оценку наилучшего назначения последовательности для набора данных MS / MS, но также и на разницу оценок со вторым лучшим назначением. Этот подход реализован в Sequest, XTandem, новых версиях Mascot (данные на рисунках 5 и 6 были получены с более старой версией Mascot) и, возможно, в других поисковых системах.В этом подходе, если более чем одна последовательность из базы данных может быть назначена спектру MS / MS, это назначение не является доверенным. Хотя такой подход определенно повышает уверенность в назначении последовательностей, он не может полностью устранить проблему гомологии и, в зависимости от размера базы данных, может значительно ограничить эффективность поиска в базе данных. Действительно, согласно рисунку 6, от 20 до 64% ​​всех наборов данных MS / MS с показателем выше порогового значения не заслуживают доверия. Если бы база данных включала все возможные пептидные последовательности, несколько неполных наборов данных MS / MS можно было бы с уверенностью присвоить, потому что почти каждый неполный набор данных мог бы быть отнесен к более чем одной пептидной последовательности.По нашему мнению, более радикальное решение проблемы гомологии MS / MS могло бы быть основано не на отрицании альтернативных назначений, возникающих в основном из-за неполноты информации о последовательностях в наборах данных MS / MS, а на полном устранении этой неполноты. Такое удаление эквивалентно возможности выполнения полного секвенирования de novo каждого анализируемого пептида. В настоящее время это выходит за рамки возможности масс-спектрометрии в рутинном анализе, но в принципе получение полной информации о последовательности для каждого анализируемого пептида является реальной целью.Однако следует иметь в виду, что даже полное секвенирование de novo оставляет нерешенной проблему гомологии последовательностей, которая проистекает из того факта, что многие пептиды, как триптические, так и нетриптические, обнаруживаются более чем в одной последовательности белка. Рисунок 7. Теоретические формы распределения оценок поисковой системы: (а) идеализированная ситуация «ударил или промахнулся»; (б) более реалистичная ситуация с учетом существования гомологов наборов данных MS / MS.

неудач », можно установить порог оценки, выше которого присвоения считаются надежными.В действительности, однако, существует промежуточное распределение (или, скорее, распределение распределений) совпадений гомологов, из-за которого невозможно установить значимую границу между истинными совпадениями и ложными срабатываниями (рис. 7b). При каждом пороговом значении некоторое количество принятых совпадений будет отнесено к гомологичным пептидам с последовательностями, отличными от назначенных. Другим артефактом, вызывающим множественные альтернативные назначения, является одновременный выбор для MS / MS нескольких пептидов с одинаковыми значениями m / z, что может

Роль массовой точности Надежность секвенирования de novo сама по себе непростая задача, и эта тема редко обсуждается в литературе.Секвенирование MS / MS получило довольно низкие баллы в недавнем исследовании ABRF, в котором ни одна из 106 участвующих лабораторий не смогла правильно секвенировать все пять нетриптических пептидов [49]. По нашему мнению, причина такой низкой производительности заключается не в дизайне алгоритмов de novo, а в недостаточном качестве данных масс-спектрометрии, учитывая, что действительно высокопроизводительная процедура секвенирования de novo с надежностью 95% требует комбинации двух взаимодополняющих методы фрагментации с точностью молекулярной массы ppm и массой фрагмента лучше примерно 20 мДа [16].Попытки достичь цели 95% надежности с использованием данных CxD с низким разрешением

760

ZUBAREV ET AL.

до сих пор были бесполезны, даже когда были задействованы самые сложные методы секвенирования de novo. Например, подход, который использует несколько независимо полученных спектров CxD MS / MS одной и той же или слегка модифицированной последовательности, дает в среднем 50 тегов гексапептидной последовательности на спектр, с вероятностью 82%, по крайней мере, одной метки, чтобы быть правильным [50]. Таким образом, даже идентификация тега последовательности не является достаточно надежной, если данные получены с использованием метода однократной фрагментации с низким разрешением.В отличие от этого, метка надежной последовательности (RST), полученная из данных CxD ⫹ ExD с высоким разрешением, является правильной более чем на 98% [16, 47]. Подробнее о преимуществах точности измерения массы см. Зубарев и Манн [51].

Как объединить CxD и ExD Объединение данных из двух дополнительных методов фрагментации в один файл данных может быть выполнено, как описано в Nielsen et al. [44]. Еще лучшей альтернативой было бы отправить для поиска в базе данных два спектра МС / МС «как есть». К сожалению, ни одна из существующих поисковых систем, насколько нам известно, сегодня не может принять такую ​​информацию.Информационное содержание потерь боковой цепи, которых много в обоих методах [18, 40, 52], все еще недостаточно используется поисковыми системами, особенно потери ExD [40].

Выводы В этой работе мы приводим доводы в пользу комбинированного использования методов ExD и CxD в тандемной масс-спектрометрии, применяемой к протеомике дробовика. Мы утверждаем, что единственный способ надежно идентифицировать пептидные последовательности — это секвенирование de novo, которое достижимо с желаемой надежностью 95% только при использовании двух дополнительных методов фрагментации и высокой точности определения массы.Таким образом, ответ на вопрос, выраженный в названии: дуэт и только дуэт.

Благодарности Эта работа была поддержана Фондом Кнута и Алисы Валленберг, Шведским исследовательским советом (гранты 621-2004-4897 и 621-2003-4877 для RZ).

Литература 1. Зубарев Р. А .; Kelleher, N.L .; Маклафферти, Ф. В. Диссоциация многозарядных белковых катионов с захватом электроном. Неэргодический процесс. Варенье. Chem. Soc. 1998, 120, 3265–3266. 2. Зубарев, Р. А .; Фридрикссон, Э.К.; Хорн, Д. М .; Kelleher, N.L .; Крюгер, Н. А .; Карпентер, Б.К .; Маклафферти, Ф. В. Диссоциация с захватом электронов для структурной характеристики многозарядных белковых катионов. Анальный. Chem. 2000, 72, 563–573. 3. Цыбин Ю. O .; Håkansson, P .; Будник, Б. А .; Haselmann, K. F .; Kjeldsen, F .; Горшков, М .; Зубарев, Р. А. Усовершенствованные низкоэнергетические системы инжекции для высокоскоростной диссоциации захвата электронов в масс-спектрометрии с ионным циклотронным резонансом с преобразованием Фурье. Rapid Commun. Масс-спектрометрия. 2001, 15, 1849–1854.4. Haselmann, K. F .; Будник, Б. А .; Olsen, J. V .; Nielsen, M. L .; Reis, C.A .; Clausen, H .; Johnson, A.H .; Зубарев, Р.А. Преимущества внешнего накопления для диссоциации электронного захвата в масс-спектрометрии с преобразованием Фурье. Анальный. Chem. 2001, 73, 2998–3005. 5. Пальмблад, М .; Цыбин Ю. O .; Ramstrom, M .; Bergquist, J .; Хоканссон, П. Жидкостная хроматография и диссоциация с захватом электронов в Fou-

J Am Soc Mass Spectrom 2008, 19, 753–761

Масс-спектрометрия циклотронного резонанса с преобразованием риера.Rapid Commun. Масс-спектрометрия. 2002, 16, 988–992. 6. Дэвидсон, В .; Фрего Л. Микро-высокоэффективная жидкостная хроматография / масс-спектрометрия с преобразованием Фурье с диссоциацией с захватом электронов для анализа ферментативных перевариваемых белков. Rapid Commun. Масс-спектрометрия. 2002, 16, 993–998. 7. Цыбин Ю. O .; Wetterhall, M .; Маркидес, К. Э .; Håkansson, P .; Бергквист, Дж. Капиллярный электрофорез и диссоциация с захватом электронов Фурье-масс-спектрометрия с ионным циклотронным резонансом для анализа смеси пептидов и переваривания белков.Евро. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 389–396. 8. Баба, Т .; Хашимото, Й .; Hasegawa, H .; Hirabayashi, A .; Ваки, И. Диссоциация с захватом электронов в радиочастотной ионной ловушке. Анальный. Chem. 2004, 76, 4263–4266. 9. Silivra, O.A .; Kjeldsen, F .; Ивонин, И. А .; Зубарев, Р.А. Диссоциация захвата электрона в квадрупольной ионной ловушке: первые результаты. Варенье. Soc. Масс-спектрометрия. 2005, 16, 22–27. 10. Syka, J. E. P .; Coon, J. J .; Schroeder, M. J .; Shabanowitz, J .; Хант, Д. Ф. Анализ последовательности пептидов и белков с помощью масс-спектрометрии с диссоциацией с переносом электронов.Proc. Natl. Акад. Sci. USA 2004, 101, 9528-9533. 11. Appella, E .; Андерсон, К. В. Новые перспективы протеомики: методы фрагментации электронного захвата (ECD) и диссоциации с переносом электронов (ETD) и комбинированная фракционная диагональная хроматография (COFRADIC). FEBS J. 2007, 274, 6255–6255. 12. Хидекель, Н .; Ficarro, S.B .; Clark, P.M .; Bryan, M.C .; Swaney, D. L .; Rexach, J. E .; Sun, Y.E .; Coon, J. J .; Peters, E.C .; Hsieh-Wilson, L.C. Исследование динамики гликозилирования O-GlcNAc в головном мозге с использованием количественной протеомики.Nat. Chem. Биол. 2007, 3, 339–348. 13. Taverna, S.D .; Ueberheide, B.M .; Liu, Y .; Tackett, A.J .; Diaz, R.L .; Shabanowitz, J .; Chait, B.T .; Хант, Д. Ф .; Аллис, К. Д. Комбинаторная связь на больших расстояниях между метилированием и ацетилированием на концах гистона h4N. Proc. Natl. Акад. Sci. США 2007, 104, 2086–2091. 14. Molina, H .; Хорн, Д. М .; Tang, N .; Mathivanan, S .; Панди, А. Глобальное протеомное профилирование фосфопептидов с использованием тандемной масс-спектрометрии с диссоциацией электронного переноса. Proc. Natl.Акад. Sci. США, 2007, 104, 2199–2204. 15. Зубарев, Р. А. Первичная структура белка с использованием методов ортогональной фрагментации в масс-спектрометрии с преобразованием Фурье. Эксперт Rev. Proteomics 2006, 3, 251–261. 16. Савицкий, М. М .; Nielsen, M. L .; Kjeldsen, F .; Зубарев, Р. А. Протеомический подход к секвенированию Grade De Novo. J. Proteome Res. 2005, 4, 2348 — 2354. 17. Fälth, M .; Савицкий, М. М .; Nielsen, M. L .; Kjeldsen, F .; Andren, P.E .; Зубарев, Р. А. SwedCAD, База данных аннотированных масс-спектрометрических масс-спектрометров триптических пептидов.J. Proteome Res. 2007, 6, 4063-4067. 18. Huang, Y .; Triscari, J.M .; Tseng, G.C .; Pasa-Tolic, L .; Lipton, M. S .; Smith, R.D .; Высоцкий, В. Х. Статистическая характеристика состояния заряда и остаточной зависимости паттернов диссоциации низкоэнергетических CID-пептидов. Анальный. Chem. 2005, 77, 5800–5813. 19. Dongre, A.R .; Somogyi, A .; Высоцкий, В. Х .; Диссоциация, индуцированная поверхностью: эффективный инструмент для исследования структуры, энергии и механизмов фрагментации протонированных пептидов. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 339–350.20. Савицкий, М. М .; Kjeldsen, F .; Nielsen, M. L .; Гарбузынский, С.О .; Гальзицкая, О. В .; Сурин, А.К .; Зубарев, Р.А. Карбонильные основания основной цепи связывают газофазную фрагментацию пептидов и сворачивание белков. Энгью. Chem. Int. Эд. 2007, 46, 1481–1484. 21. Paizs, B .; Сухай, С. Пути фрагментации протонированных пептидов. Масс-спектрометрия. Ред. 2005, 24, 508–548. 22. Будник, Б. А .; Nielsen, M. L .; Olsen, J. V .; Haselmann, K. F .; Hörth, P .; Haehnel, W .; Зубарев, Р. А. Могут ли относительные частоты расщепления в пептидах предоставить дополнительную информацию о последовательности? Int.J. Mass Spectrom. 2002, 219, 283–294. 23. Савицкий, М. М .; Kjeldsen, F., Nielsen, M. L .; Зубарев Р.А. Предпочтения комплементарных последовательностей диссоциации электронного захвата и колебательного возбуждения при фрагментации полипептидных поликатионов. Энгью. Chem. Int. Эд. 2006, 45, 5301–5303. 24. Цыбин Ю.О .; Он, H .; Бен Хамидан, H .; Emmett, M. R .; Hendrickson, C.L .; Цыбин О.Ю .; Маршалл, А.Г. Электронный захват / перенос ионов продуктов диссоциации: корреляция с аминокислотной гидрофобностью и применение в структурном анализе пептидов и белков.В материалах 55-й конференции ASMS по масс-спектрометрии и смежным темам, Индианаполис, Индиана, 3–7 июня 2007 г. 25. Sze, S.K .; Ge, Y .; О, H.B .; McLafferty, F. W. Нисходящая масс-спектрометрия 29-кДа белка для характеристики любой посттрансляционной модификации с точностью до одного остатка. Proc. Natl. Акад. Sci. США, 2002, 99, 1774–1779. 26. Ge, Y .; Lawhorn, B.G .; Эль-Наггар, М .; Strauss, E .; Park, J. H .; Begley, T. P .; Маклафферти, Ф. В. Характеристика «сверху вниз» более крупных белков (45 кДа) с помощью масс-спектрометрии с диссоциацией с захватом электронов.Варенье. Chem. Soc. 2002, 124, 672–678. 27. Charlebois, J.P .; Patrie, S.M .; Келлехер, Н. Л. Диссоциация захвата электронов и истощение C-13, N-15 для локализации дейтерия в интактных белках после обмена фаз в растворе. Анальный. Chem. 2003, 75, 3263–3266. 28. Kjeldsen, F .; Будник, Б. А .; Haselmann, K. F .; Jensen, F .; Зубарев, Р.А. Диссоциативный захват горячих (3–13 эВ) электронов полипептидными поликатионами: эффективный процесс, сопровождающийся вторичной фрагментацией. Chem. Phys. Lett. 2002, 356, 201–206.

J Am Soc Mass Spectrom 2008, 19, 753–761

ECD / ETD VS СОВМЕСТНО АКТИВИРУЕМЫЕ ДИССОЦИАЦИИ

29. Kjeldsen, F .; Sørensen, E .; Зубарев, Р.А. Выявление аминокислотных остатков Ile / Leu в белке PP3 по диссоциации с захватом (горячим) электроном в масс-спектрометрии с ионным циклотронным резонансом с преобразованием Фурье. Анальный. Chem. 2003, 75, 1267–1274. 30. Kelleher, N.L .; Зубарев, Р. А .; Буш, К .; Furie, B .; Furie, B.C .; McLafferty, F.W .; Уолш, К. Т. Локализация лабильных посттрансляционных модификаций диссоциацией с захватом электронов: случай ␥-карбоксиглутаминовой кислоты.Анальный. Chem. 1999, 71, 4250 — 4253. 31. Cooper, H.J .; Håkansson, K .; Маршалл, А. Г. Роль диссоциации электронного захвата в биомолекулярном анализе. Масс-спектрометрия. Ред. 2005, 24, 201–222. 32. Зубарев Р.А. Тандемная масс-спектрометрия с диссоциацией с захватом электронов. Curr. Opin. Biotechnol. 2004, 15, 12–16. 33. Cooper, H.J .; Hudgins, R. R .; Håkansson, K .; Маршалл, А. Г. Характеристика потерь боковой цепи аминокислот при диссоциации при захвате электронов. Варенье. Soc. Масс-спектрометрия. 2002, 13, 241–249.34. Хорошо, Д. М .; Wirtala, M .; McAlister, G.C .; Кун, Дж. Дж. Рабочие характеристики масс-спектрометрии диссоциации с переносом электронов. Мол. Клетка. Протеомика 2007, 6, 1942–1951. 35. Nielsen, M. L .; Будник, Б. А .; Haselmann, K. F .; Olsen, J. V .; Зубарев Р.А. Внутримолекулярный перенос атома водорода в водорододефицитных полипептидных радикальных катионах. Chem. Phys. Lett. 2000, 330, 558–562. 36. Будник, Б. А .; Haselmann, K. F .; Зубарев, Р. А. Отрывная диссоциация пептидных дианионов с отрывом электрона: явление электронно-дырочной рекомбинации.Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 299–302. 37. Chi, A .; Huttenhower, C .; Geer, L. Y .; Coon, J. C .; Syka, J. E. P .; Bai, D. L .; Shabanowitz, J .; Берк, Д. Дж .; Троянская, О.Г .; Хант, Д. Ф. Анализ сайтов фосфорилирования белков из Saccharomyces cerevisiae с помощью масс-спектрометрии с диссоциацией электронного переноса (ETD). Proc. Natl. Акад. Sci. США 2007, 14, 2193–2198. 38. Савицкий, М. М .; Kjeldsen, F .; Nielsen, M. L .; Зубарев, Р.А. Перегруппировка водорода в радикальные z-фрагменты и из них при диссоциации пептидов с захватом электроном.Варенье. Soc. Масс-спектрометрия. 2007, 18, 113–120. 39. Lin, C .; Cournoyer, J. J .; О’Коннор, П. Б. Исследование кинетики сворачивания газовой фазы пептидных ионов с помощью ИК-активированного DR-ECD. В трудах 55-й конференции ASMS по масс-спектрометрии и смежным темам, Индианаполис, Индиана, 3–7 июня 2007 г. 40. Савицкий, М. М .; Nielsen, M. L .; Зубарев, Р. А. Потери боковой цепи при диссоциации захвата электронов улучшают идентификацию пептидов. Анальный. Chem. 2007, 79, 2296–2302.

761

41. Хорн, Д.М .; Зубарев, Р. А .; McLafferty, F. W. Автоматическое секвенирование белков De Novo с помощью тандемной масс-спектрометрии высокого разрешения. Proc. Natl. Акад. Sci. USA 2000, 97, 10313–10317. 42. www.matrixscience.com/pdf/asms_tutorial_2005.pdf. 43. Thorne, G.C .; Ballard, K. D .; Гаскелл, С. Дж. Метастабильное разложение пептидных [M ⫹ H] ⫹ ионов посредством перегруппировки, связанной с потерей C-концевого аминокислотного остатка. Варенье. Soc. Масс-спектрометрия. 1990, 1, 249–257. 44. Nielsen, M. L .; Савицкий, М. М .; Зубарев, Р.А. Улучшение идентификации белков с помощью дополнительных методов фрагментации в масс-спектрометрии с преобразованием Фурье.Мол. Клетка. Proteomics 2005, 6, 835–845. 45. Gignac, S.M .; Брауэр, S .; Häne, B .; Quentmeier, H .; Дрекслер, Х. Г. Устранение микоплазмы из инфицированных клеточных линий лейкемии. Лейкемия 1991, 5, 162–165. 46. ​​Anderson, N.L .; Полански, М .; Pieper, R .; Gatlin, T .; Tirumalai, R. S .; Conrads, T. P .; Veenstra, T. D .; Adkins, J. N .; Pounds, J. G .; Fagan, R .; Лобли, А. Протеом плазмы человека: неизбыточный список, разработанный комбинацией четырех отдельных источников. Мол. Клетка. Протеомика 2004, 3, 311–316.47. Савицкий, М. М .; Nielsen, M. L .; Зубарев, Р. А. Новая независимая от базы данных оценка на основе меток последовательности пептидов для данных МС / МС проверяет баллы Mowse, восстанавливает данные ниже порогового значения, выделяет модифицированные пептиды и оценивает качество методов МС / МС. Мол. Клетка. Протеомика 2005, 8, 1180–1188. 48. Несвижский, А. И .; Keller, A .; Kolker, E .; Эберсолд, Р. Статистическая модель для идентификации белков с помощью тандемной масс-спектрометрии. Анальный. Chem. 2003, 75, 4646 — 4658. 49. Turck, C.W .; Фалик, А.М .; Kowalak, J. A .; Lane, W. S .; Neubert, T. A .; Финни, Б. С .; Weintraub, S.T .; Уэст, К. А. http://www.abrf.org/ ResearchGroups / Proteomics / EPosters / PRG05poster_revised_051212_ stw.pdf. В материалах 53-й конференции ASMS по масс-спектрометрии и смежным темам, Сан-Антонио, Техас, 2005. 50. Bandeira, N .; Цур, Д .; Франк, А .; Певзнер, П. А. Идентификация белков с помощью анализа спектральных сетей. Proc. Natl. Акад. Sci. USA 2007, 104, 6140 — 6145. 51. Зубарев Р. А .; Манн М. О правильном использовании точности масс в протеомике.Мол. Клетка. Протеомика 2007, 6, 377–381. 52. Савицкий, М. М .; Kjeldsen, F .; Nielsen, M. L .; Зубарев Р.А. Относительные особенности потерь воды и аммиака из фрагментов позвоночника при диссоциации, активируемой столкновением. yyJ. Proteome Res. 2007, 6, 2669 — 2673.

Veeam Backup & Replication Components Deep Dive (v9) Всеволод Зубарев, инженер службы поддержки Veeam Tier 2

1 и компоненты репликации Deep Dive (v9) Всеволод Зубарев, инженер службы поддержки Veeam Tier 2

2 Veeam Backup & Replication Сервисы Windows Взаимодействие с Linux-сервером Интеграция с хостом Microsoft Hyper-V Взаимодействие с гостями Veeam B&R: Windows и Linux Enterprise Manager

3 Veeam Сервер B&R Сервер Microsoft SQL Server SQL Server () Служба VeeamBackup VeeamBackupReporting SQL баз данных Драйвер служебного процесса Veeam Enterprise Manager Enterprise Manager

4 Драйвер служебного процесса сервера Veeam B&R

5

6 Драйвер служебного процесса сервера Veeam B&R

7

8

9 Veeam B&R server Service Console Manager Service Process Driver

10

11 Veeam B&R server Service Console Windows server / desktop Console Manager Service Process Driver

12 Veeam B&R server Service Manager Satellite Console Windows server / desktop Console Service Драйвер процесса

13

14 Сервер Veeam B&R Service Manager Satellite Console Catalog Служба данных Серверная / настольная консоль Windows Драйвер процесса службы

15

16 Программа установки Windows Server Service Драйвер процесса 9 0005

17

18

19 Служба установщика Windows Server Драйвер процесса службы службы Veeam Data Mover

20

21 Служба установщика Windows Server Служба Veeam Data Mover Служба Veeam Data Movers (VeeamAgents) Драйвер процесса службы

22

23

24 Proxy Repository Служба установщика Служба установщика Служба Data Mover Служба Data Mover чтение VeeamAgent 1 канал уведомлений VeeamAgent запись 5 каналов данных каналов управления Сервер Veeam B&R Veeam Backup Manager Veeam Backup Service vcenter Veeam B&R Database

25

26 Служба установщика Windows Server Veeam Data Mover Service Драйвер VeeamFSR Veeam Data Movers (VeeamAgents) Драйвер служебного процесса

27

28 Служба установщика Windows Server Veeam Data Mover Service Драйвер VeeamFSR Veeam Data Movers (VeeamAgents) Ядро виртуального диска драйвер режима Service Process Driver

29

30

31 Windows Server Veeam vpower NFS Service Service Process Driver

32 VeeamNFSSvc.exe Действует как сервер NFSv3, монтируемый с хостов ESXi, в частности, ключевой компонент в Instant Recovery, Multi-OS FLR, SureBackup

33 Windows Server Veeam vpower NFS Service Veeam Mount Service Service Process Driver

34

35 v8 v9 Репозиторий Windows Veeam B&R server ESXi / Hyper-V

36 Windows Server Veeam vpower NFS Service Veeam Mount Service Veeam WAN Accelerator Service Service Process Driver

37

38

39 Windows Server Veeam vpower NFS Service Veeam Mount Service Veeam WAN Accelerator Service Драйвер процесса службы Veeam Remote Tape Access Service

40

41 Windows server Veeam vpower NFS Service Veeam Mount Service Veeam WAN Accelerator Service Veeam Remote Tape Access Service Veeam Cloud Gateway Service Service Process Driver

42

43 Veeam B&R server Service Linux server sshd perlsoap library SSH Manager Veeam Data Movers (VeeamAgents) Service Process Driver

44

45 Hyper-V host Hyper-V Integration Service Service Process Driver

46

47 Hy per-V host Служба интеграции Hyper-V Драйвер Veeam CT Mini-Filter Service Process Driver

48

49

50 Veeam B&R server Manager Windows гостевая виртуальная машина Veeam Guest Helper Veeam Guest Indexer Veeam Guest Helper Control Veeam VSS SharePoint 2010/2013 Драйвер служебного процесса

51

52

53 Veeam B&R server Manager SSH гостевая виртуальная машина Linux sshd Индексирование с помощью mlocate Oracleagent для сбора информации Oracle Выполнение сценариев предварительного замораживания Выполнение сценариев после размораживания Драйвер процесса обслуживания

54 Veeam B&R server Service Enterprise Драйвер процесса обслуживания Manager Enterprise Manager

55

56 Veeam B&R server Service Enterprise Manager Enterprise Manager RESTful API Service Process Driver

57

58 Veeam B&R server Service Enterprise Manager Enterprise Manager vsphere Web Client RESTful API Плагин Veeam B&R Web Client Плагин драйвера сервисного процесса

59